Окончил Томский государственный университет в 1977 году по специальности преподаватель химии и биологии. Кандидат философских наук. Диссертацию по теме «Циклические процедуры научного исследования» защитил в Новосибирском государственном университете в 1988 году. Профессор, заведующий кафедрой местного самоуправления Национального исследовательского университета «Высшая школа экономики» с 2008. Принимал участие в организации неформального объединения учёных, проводивших семинары по экономическим проблемам в ЦЭМИ АН СССР. Являлся активным участником семинаров и рабочих групп по формированию стратегии рыночных и либеральных реформ в России. Генеральный директор Центра проблем гражданского общества и частной собственности с 1993. В 1995 участвовал, вместе с группой других интеллектуалов (С. Чернышов, А. Белоусов, В. Глазычев, А. Кураев, С. Кургинян, В. Радаев, Ш. Султанов и др.), в сборнике «Иное. Хрестоматия нового российского самосознания» . Начальник Экспертного управления Администрации Президента РФ в 2000—2004. Старший референт Президента РФ в 2004—2005. Действительный государственный советник Российской Федерации 1 класса. С. Кордонский — один из создателей направления, именуемого «теорией административного рынка». Ввёл в научное обращение понятие «веерных матриц». По мнению Кордонского, в России «циклы ослабления — укрепления государственности заменили собою обычные экономические циклы». В западной прессе цитируются его высказывания типа: «функция детдома в России — подготовить маргинализированных членов общества к карьере профессиональных воров и грабителей»; «люди в России являются ресурсополучателями, а не гражданами»; «иностранное для россиян символизирует жизнь в раю, россияне хотят не стать гражданами, а просто жить в раю».
