Подстановка процессов — это функция, не относящаяся к POSIX, поэтому она может быть отключена в вашей оболочке. Чтобы включить функции, отличные от POSIX, в вашем текущем экземпляре оболочки, запустите set +o posix.
Почему вы считываете файл конфигурации, вместо того чтобы сделать его исполняемым с помощью chmod и запустить как сценарий? Потому что сценарий запускается в дочернем процессе. Команды в сценарии не повлияют на вашу родительскую оболочку, а после завершения дочернего процесса все изменения будут потеряны.