После захвата Праги немцами в марте 1939 г. гестапо несколько раз арестовывало престарелого художника и подвергало допросам, в результате чего он заболел пневмонией и скончался 14 июля 1939 г.
Художник побывал в Санкт-Петербурге и в Москве, посетил Третьяковскую галерею. Особенно сильное впечатление на него произвела Троице-Сергиева лавра.
Альфонс Муха работал над обложками, фронтисписами и иллюстрациями для парижского журнала «Кокорико» (Cocorico).