Первая часть: пролог — полет на воздушном шаре; «Скоморох» (три монаха, Кирилл, Даниил и Андрей, укрываются от непогоды в избе, обитателей которой смешит скоморох; затем по чьему-то доносу появляются стражники, избивают скомороха и уводят его); «Феофан Грек» (спор Кирилла с Греком, прощание Андрея с насельниками монастыря, бунт Кирилла и уход его в мир); «Страсти по Андрею» (спор в лесу Андрея с Фомой, объяснения его с Греком, видение Голгофы); «Праздник» (ночь на Ивана Купалу, языческий праздник, а наутро расправа с язычниками); «Страшный суд» (кризис в работе над росписью храма, спор с Даниилом Черным, ослепление богомазов, покаяние Андрея).

Вторая часть: «Набег» (князь-предатель и набег ордынских татар на Владимир, спор Андрея с умершим Греком в разгромленном храме); «Молчание» (Андрей отказывается писать и говорить; татары похищают юродивую); «Колокол» (сын умершего литейщика Бориска берется за изготовление огромного колокола для великого князя, и, воодушевленный звоном колокола, Андрей решает снова писать); цветной эпилог — странствие зрительского взгляда по линиям и краскам иконных изображений, созданных Рублевым.