Не считайте резервную копию (особенно физическую) пригодной для использования, пока не протестируете ее. Для InnoDB это означает, что нужно запустить экземпляр MySQL, дать InnoDB завершить процедуру восстановления, а затем выполнить команду СНЕСК TABLES. Вы можете пропустить этот шаг или просто проверить файлы с помощью утилиты innochecksum, но мы не рекомендуем так делать.

Стоит комбинировать оба подхода: сделайте физические копии, а затем запустите экземпляр сервера MySQL с полученными данными и утилиту mysqlcheck. Затем хотя бы периодически выполняйте дамп данных с помощью утилиты mysqldump для получения логической резервной копии. В результате вы получите преимущества обоих подходов, не создавая на промышленном сервере излишней нагрузки по формированию дампа. Это особенно удобно, если у вас есть возможность делать мгновенные снимки файловой системы: можно сделать снимок, скопировать на другой сервер и развернуть его, а затем проверить физические файлы и выполнить логическое резервное копирование.