В эпоху Просвещения термин «естественная религия» понимался буквально как «религия разума» и стал синонимом такого внеконфессионального течения, как деизм. О естественной религии спорили философы, теологи, публицисты и деятели культуры, некоторые противопоставляли ей «религию веры» и «религию чувства», и в конце концов религия одного лишь только разума не смогла пережить романтический поворот в культуре и расцвет эмпирических наук. В XIX столетии мало кто уже говорит о естественной религии, хотя сохраняется другой популярный концепт — естественная теология. Она становится в некотором смысле импульсом для возникновения науки о религии, но в итоге уходит на второй план, делается отдельным философским учением.