Беспорядок обнаружился и в Церкви, которая не смогла выполнить роль «духовного врача», хранителя нравственного здоровья народа. Естественно, что после Смуты реформа Церкви стала самой насущной проблемой. Реформу проводили не архиереи, а священники: протопоп Иван Неронов, духовник юного царя Алексея Михайловича Стефан Вонифатьев, знаменитый Аввакум.