Существенный недостаток хранения информации на виртуальном жестком диске — к ней невозможен прямой доступ. Необходимо использовать программы, работающие на виртуальной машине, к которой подключен такой диск. Например, на виртуальной машине может быть установлен сервер баз данных, чьи данные хранятся на виртуальном диске. В случае же файлового хранилища сервер должен быть сконфигурирован как файловый вручную. Следующий значительный недостаток такой системы хранения — меньшая надежность и доступность, поскольку за согласованность и доступность в данном случае отвечают программы пользователя, размещенные на его виртуальной машине.