В XIII веке территория вошла в состав империи Чингисхана, затем — Тамерлана. Киргизы постепенно обосновались в своей нынешней территории. В начале XIX века они попали под власть узбекского Кокандского ханства, которая им не понравилась. В 1855—63 годах северная Киргизия была присоединена к Российской империи, а в 1876 году к нам отошла и Южная Киргизия. Некоторые русские — крестьяне, купцы и даже монахи-миссионеры, стали переселяться в район Пишпека (нынешний Бишкек) и на Иссык-Куль, некоторые киргизы стали учить русский язык.
В 1916 году прошли русско-киргизские погромы и волнения с большим количеством жертв. Они были подавлены царским правительством, но и царю оставалось править недолго. В целом к 1917 году регион оставался отсталой частью Империи.