Саагун принял участие в работе над одним из наиболее исчерпывающих описаний Мексики XVI в., получившим название «Всеобщая история вещей Новой Испании». В этом монументальном труде, опубликованном в 1578 г. и более известном как «Флорентийский кодекс», были подробно описаны не только растительный и животный мир Нового Света, но и история, религия и медицина ацтеков. Труд состоял из 12 книг и содержал более 2000 раскрашенных вручную иллюстраций [19].