Более детальную методологию перепроектирования и оптимизации бизнес-процессов на основе автоматического выявления процессов предлагает Сантьяго Агирре Майорга в своей книге Process mining: Fundamentals and Methodology of Application [Aguirre 2016]. Она включает четыре этапа: инициация проекта, подготовка данных, анализ процесса и перепроектирование процесса. Эти четыре этапа декомпозируются на 19 шагов, как показано в следующей таблице.