Еще одним событием, сильно повлиявшим на Петербург и его кладбища, стала разразившаяся спустя семь лет после наводнения холера. Это была первая (но не последняя) эпидемия холеры в городе, однако именно она оказала наибольшее влияние на городские кладбища.