Скорость операций вставки сильно зависит от порядка вставки. Вставка строк в порядке, соответствующем первичному ключу, — самый быстрый способ загрузки данных в таблицу InnoDB. После загрузки большого количества данных, если вы не загружали строки в порядке первичного ключа, целесообразно реорганизовать таблицу с помощью OPTIMIZE TABLE.