Они практиковали два основных способа проникновения: ин-нин (темное ниндзюцу), или умение спрятаться где-нибудь под покровом темноты или иным образом избежать обнаружения, и ё-нин (светлое ниндзюцу) — проникновение у всех на виду, например замаскировавшись под монаха, чтобы избежать подозрений. Иногда синоби применяли оба метода сразу.