Во главе Россотрудничества находится руководитель, приравненный в ранге к заместителю министра иностранных дел и по должности входящий в состав Коллегии МИД России. Работа Россотрудничества ведется как в его Центральном аппарате, состоящем из отделов, так и в его зарубежных представительствах, которые могут быть представлены «Русскими домами», Российскими центрами науки и культуры (РЦНК), представительствами Россотрудничества или отдельными представителями Россотрудничества в составе дипломатической миссии России. На сегодняшний день свою работу осуществляют 92 зарубежных органа Россотрудничества, представленных в различных регионах мира