При подключении к управляющему серверу бот сообщает, какие версии каких модулей у него загружены. И в случае отсутствия или устаревания какого-либо модуля контрольный сервер пакует файл SYS (это, по сути, библиотека режима ядра ОС) и передает на бота. Ядро бота распаковывает модуль и выполняет его загрузку в память, инициализацию и запуск. То есть на диске сохраняется только ядро, которое не умеет спамить. А модуль может расширить его функциональность до чего угодно.