Настоящей трагедией для Кремля стала Отечественная война 1812 г. В понедельник 2 сентября французы вступили в Москву. В тот же день в разных концах Москвы одновременно вспыхнули пожары. Тушить их было некому – в огромном городе оставалось не более десяти тысяч жителей. Через сутки вся Москва была охвачена огнем. Наполеон со своим штабом сначала поселился в Кремле, но уже 4 сентября, опасаясь, что огонь может перекинуться и сюда, перебрался в Петровский дворец на Петербургском шоссе. Только 8 сентября, когда пламя стало стихать, он снова вернулся в Кремль.
Захват Москвы не означал, как надеялся французский император, окончания войны. 10 октября, после 39 дней пребывания в древней столице России, он вынужден был покинуть ее, отдав приказ маршалу Мортье взорвать уцелевший от страшного сентябрьского пожара Кремль. От взрывов сильно пострадали Грановитая палата, Арсенал, Потешный дворец, пристройка к Ивану Великому (сама колокольня дала трещину, но все же устояла); рухнула Водовзводная башня, наполовину обрушилась Никольская; было повреждено