В блоке square команда return

return number ** 2

сначала возводит число в квадрат, а затем завершает функцию и возвращает результат на сторону вызова. В нашем примере функция впервые вызывается во фрагменте [2], поэтому IPython выводит результат в Out[2]. Второй вызов находится во фрагменте [3], так что IPython выводит результат в Out[3]