Убедитесь, что знаете, где находится файл конфигурации вашего сервера! Нам случалось встречать людей, безуспешно пытавшихся настроить сервер с файлом, который этот сервер и не собирался читать, например /etc/my.cnf на серверах Debian, где сервер ищет свой файл конфигурации /etc/mysql/my.cnf. Иногда такие файлы находятся в нескольких местах, возможно, из-за того, что предыдущий системный администратор тоже запутался. Если вы не знаете, какие файлы читает ваш сервер, то лучше у него же и спросить:

$ which mysqld

/usr/sbin/mysqld

$ /usr/sbin/mysqld --verbose --help | grep -A 1 'Default options'

Default options are read from the following files in the given order:

/etc/mysql/my.cnf ~/.my.cnf /usr/etc/my.cnf