Отец Михаила, Фёдор Никитич Романов, приходился двоюродным братом царю Феодору Иоанновичу, и потому мог бы и сам претендовать на престол. Но с приходом Бориса Годунова Фёдор Никитич был устранен из числа претендентов – насильно пострижен в монахи с именем Филарет, его жена Ксения пострижена с именем Марфа. Их поселили в разных монастырях. Позже Филарет оказался в польском плену. Выполняя дипломатическую миссию, он вместе с другими членами русской делегации был арестован, фактически взят в заложники. Поляки скрыли от Филарета, что в это время в Москве его сын избирался на царство.