систематически вносили в один файл.

Это же касается и переговоров с подрядчиком. Было бы здорово, если бы все переговоры и достигнутые договоренности (особенно устные и телефонные!) позже переносились в формат переписки по электронной почте. Например, полезно сразу, в этот же день, написать письмо со списком всех договоренностей по итогам устных переговоров. Закрепить, в общем, документально. Вообще стоит очень внимательно относиться к техническому заданию на сайт и оформлению бумаг.