Корневище пиона утолщенное и мясистое. По строению корневой системы травянистые пионы делятся:

– на пионы с клубневидно утолщенными корнями, как у пиона лекарственного;

– с веретенообразными корнями с перетяжками, как у молочноцветкового пиона