С нейропсихологической точки зрения работа функциональной системы должна оцениваться по двум основным параметрам.
Первый из них– структурный, предполагает оценку того, какие компоненты входят в структуру функциональной системы. С точки зрения работы мозга это означает описание тех мозговых отделов (с соответствующими нервными механизмами), которые консолидированы в функциональную систему.
Второй – содержательный, связан с определением того, какое психологическое содержание вносит каждый компонент функциональной системы в ее общую работу, за какой психический процесс он отвечает в общей структуре психической функции. Напомним, что в теории системной динамической локализации корковых функций А. Р. Лурия соотношение этих двух параметров описывается с помощью понятия «нейропсихологический фактор».