При красной волчанке нарушаются иммунорегуляторные процессы. В крови образуются циркулирующие антитела, при этом характерными являются антиядерные антитела. Они формируют и циркулируют иммунные комплексы, которые откладываются на базальных мембранах клеток органов.
При этом нарушается клеточная иммунорегуляция, Т-клетки, лимфокины и монокины вызывают активацию В-клеток и их превращение в плазматические клетки, которые вырабатывают аутоантитела.
Аутоантитела присоединяются к собственным антигенам и в виде иммунных комплексов циркулируют в организме, откладываются в органах, вызывая системные воспаления. Во всех органах поражаются мелкие сосуды, в них постепенно развивается склероз клетки с поврежденными антителами, они превращаются в «волчаночные» клетки. Обнаруживаются в крови, селезенке, костном мозге, лимфатических узлах.