Если посмотреть на город с северо-запада, то можно увидеть, что Вытегра расположена на довольно значительной долине, ограниченной горами, параллельными течению реки. Одноименная городу, река Вытегра, по берегам которой расположен город, от природы река не судоходная, вследствие множества порогов и быстрин, при посредстве плотин и шлюзов сделана судоходною.