Хронический дуоденит также может возникнуть от длительного нерационального питания, но гораздо чаще он бывает осложнением другого заболевания желудочно-кишечного тракта: гастрита или панкреатита, холецистита или колита, язвенной болезни двенадцатиперстной кишки. Спровоцировать его может и хеликобактерная инфекция, а также паразиты (лямблии, аскариды).
