Как только клиенты сообщают, что способны замечать внутренние переживания, такие как ощущение дрожи или жара при стрессе, следующим шагом будет обучение другим упражнениям «снизу вверх», направленным на деактивацию миндалевидного тела. Важно, чтобы эти упражнения предшествовали нисходящим когнитивным методам, поскольку активность миндалины вызывает чувство тревоги и подавляет функционирование корковых областей, таких как префронтальная кора. При этом клиентам становится очень трудно ясно мыслить и заниматься когнитивными задачами, лежащими в основе нисходящих методов. Если, например, миндалевидное тело клиента чрезмерно активно, его мыслящий мозг может быть подавлен так, что он будет работать лишь на 30 % мощности (или 50 %, или 70 %). Это, в свою очередь, очень затрудняет выполнение упражнений «сверху вниз», поскольку клиент может получить доступ только к 30 % своего мыслящего мозга! Основная причина, почему клиенты часто испытывают трудности с когнитивными методами, не связана с их неэффективностью. Дело, скорее, в том, что этим методам часто обучают слишком рано в процессе терапии, еще до того, как бывает решена проблема деактивации миндалины.
