-Если какие-то блоки не автоматизируются, но результат их работы важен для целостности учета (товарные и денежные потоки, формирование бухгалтерских проводок), то необходимо предусмотреть интеграцию с существующими системами, где это все учитывается на приемлемом уровне.

Если таких существующих систем нет или они не поддерживают интеграцию, нужно признать, что эти места требуют автоматизации и не могут быть вынесены на вторую очередь.