Существуют версии о том, что библиотека могла сгореть, например, во время пожара Москвы в 1812 году, или же была вывезена поляками в 1612 году, но они не выдерживают совсем никакой критики. Если бы библиотека хранилась до 1812 года в Кремле, то о ней бы многие знали, а полякам в 1612 году явно было не до того, чтобы, спасаясь от ополчения Минина и Пожарского, тащить с собой ящики с книгами.