На сегодняшний день (ах уж эта вечная оговорка, без которой нельзя обойтись) открыт и частично изучен процесс горизонтального переноса генов между бактериями. У многоклеточных эукариот, к которым относимся и мы с вами, ничего подобного пока не открыто. Делать выводы о наличии горизонтального переноса на основании сходства фрагментов ДНК у организмов, принадлежащих к разным видам (а также классам и т. д.), это все равно что делать вывод о вращении Солнца вокруг Земли на основании личных наблюдений