Другие исследования, которые направлены на выявление генетического материала микробов: ПЦР, секвенирование генов 16S рибосомальной РНК, полногеномное секвенирование. Используют также масс-спектрометрию – идентификацию бактерий по веществам, которые они вырабатывают. Для использования этих методов нужен материал из кишечника