Не обошлось и без конфликтов. В частности, музейный комитет восстал против росписей архитектора Макаева (их можно видеть на фасаде со стороны Лубянской площади). С лепными белками и чугунными совами вроде бы смирились, а вот панно, изображающее символические сельское хозяйство, просвещение и фабрично-заводской труд, презрительно обозвали «дурно написанными картинками» и требовали заменить. Но все же панно осталось — авторам удалось отстоять свое произведение.