Отследить первичную доместикацию дикого растения весьма сложно. В случае с деревом какао существуют разные точки зрения на данный вопрос. По мнению одних исследователей, впервые его культивирование произошло в Месоамерике, другие ученые считают, что дерево одомашнили в Южной Америке, есть и те, кто говорит об одновременной доместикации в обоих регионах.