В августе 1992 года здание было обстреляно с противоположной стороны реки войсками Республики Сербии. Сгорело 90% книжных собраний, пострадал расположенный рядом Восточный институт. Была повреждена мечеть Гази Хусрев Бека XVI века, правителя Боснии, мецената и строителя, а также самая старая сефардская синагога. Обстрелян был католический собор. Эта история разрушения по-прежнему является частью идентичности города.