Авторы Агни-Йоги утверждали, что иммунитет человеческого организма зависит не столько от его физических свойств и биохимических показателей, сколько от состояния психической энергии. Гармоничное состояние психической энергии считается в Агни-Йоге залогом сильного иммунитета. Люди с чистым сознанием и гармоничной аурой смогут достаточно быстро приспособиться к новым космоэнергетическим воздействиям. Но индивиды, психодуховное состояние которых далеко от гармонии, рискуют стать жертвами новых опасных болезней. В одном из писем Елена Ивановна писала: «Пора вспомнить о гигиене духа. Не так важна гигиена тела, как именно гигиена духа. Никакие витамины, никакие вспрыскивания и прививки гланд не спасут того, у кого иссякла или окостенела психическая энергия» (из письма от 24.02.1930).