В 1220 году Бухара была захвачена Чингис-ханом. Город ограбили, а жителей увели в плен. Их использовали при взятии Самарканда.
В 1238 году было антимонгольское восстание, жестоко подавленное. Потом в 1273 году город был ограблен войском Хулагу-хана.