В качестве главного классификационного признака определения групп (таксонов) водорослей принята окраска таллома (слоевища). По этому признаку выделены следующие отделы (классы) водорослей:
— Сине-зеленые водоросли — Cynophceae
— Красные водоросли — Rhodophceae
— Зеленые водоросли — Chlorophceae