Аммиак, образующийся в результате переваривания белков в кишечнике, обычно попадает в печень и превращается в мочевину, тем самым обезвреживаясь. Однако пятая часть от его общего количества возвращается в кишечник с желчью. При неправильно работающем кишечном микробиоме мочевина снова превращается в токсичный аммиак и еще больше изменяет среду.