Давным-давно, в пору своего расцвета, ниндзя объединялись в школы и кланы. Структура организаций имела четкую иерархию. Во главе клана стоял дзэнин (этот термин можно перевести как «руководитель, главный»). Дзэнин был один, он принимал принципиально важные стратегические решения, нес ответственность за правильный выбор союзников в вооруженных конфликтах. Непосредственно дзэнину подчинялись чунины – офицеры клана, а под началом чунинов находились рядовые воины – генины.