После строительства, в 1904 году, хозяин особняка решил устроить тайную моленную. Он был ревностным старообрядцем, а сторонников этой веры тогда считали раскольниками, поэтому семейную церковь спрятали от посторонних глаз под крышей.

В секретную комнату вела отдельная узкая лестница с вытянутыми ступенчатыми окнами. Шехтель оформил моленную в духе византийского храма с широким куполом. Степана Рябушинского не смутила ни авторская трактовка христианских символов в росписях, ни католическая вера архитектора. Франц Шехтель перешел в православие только во время Первой мировой войны, в разгар антинемецких настроений. Он поменял имя и стал Федором.