Программа была нацелена и на объединение совместных усилий в области регулирования потоков миграции, контроля за внешними границами Союза, борьбы с организованной приграничной преступностью и подавления угрозы терроризма. Согласно документу особая роль отводилась специальным агентствам — Европолу и Евроюсту по реализации сотрудничества в области взаимного признания судебных решений по гражданским и уголовным делам.