Только после августовских событий 1991 года и распада СССР, незадолго до ухода в отставку, главный военный прокурор прекратил дела Судоплатова и Эйтингона и заявил: «Если бы я не реабилитировал вас, архивные материалы показали бы, что я еще один соучастник сокрытия правды о тайных пружинах борьбы за власть в Кремле в 1930—1950-х годах».

10 февраля 1992 года Судоплатов был реабилитирован Главной военной прокуратурой Российской Федерации. Полностью.