В медицине применение методов раскопки данных особенно актуально для постановки диагнозов. В медицинских экспертных системах широко применяются деревья решений, позволяющие не только автоматизировать процесс постановки диагнозов на основе результатов анализов и выявленных симптомов заболеваний, но и выбирать эффективные схемы лечения, лечебные процедуры, состав и дозировку препаратов.