Важной отличительной чертой таможенных органов является то, что действующим законодательством они отнесены к числу правоохранительных органов. В качестве таковых они защищают экономический суверенитет и экономическую безопасность государств — членов ТС, права и законные интересы физических и юридических лиц. Таможенные органы ведут борьбу с преступлениями и административными правонарушениями в сфере таможенного дела.