"Трое в лодке" я люблю больше, так как "трое на четырех колёсах" кажется мне более затянутой и скучноватой.
Может быть это связано и с переводом. Например, "в лодке" есть перевод, где встречается, что мужчина может заболеть всем, кроме родильной горячки - и этот вариант книги великолепен.