Для хранения закваски на рабочем столе при комнатной температуре закрывать её полезно чем-то дышащим (ткань, марля, салфетка). Если закрывать пластмассовой крышкой, то следует просверлить в ней 2—3 небольших отверстия для доступа воздуха. Если этого не сделать, то при нехватке кислорода дрожжи будут вырабатывать в основном этанол (этиловый спирт), который станет питанием для уксуснокислых бактерий. В результате в закваске будут накапливаться летучие вещества (этанол, уксусная кислота), которые будут угнетать все микроорганизмы закваски.
В холодильнике же, наоборот, хранить закваску следует под плотно закрытой крышкой без отверстий.