Зачем цыган на цыпочках цыплёнку цыкает «Цыц!»

Большинство слов с сочетанием ЦИ в корне – иноязычные. Они пишутся по принципу транслитерации: то есть точно передают знаки одного языка знаками другого языка. В языках, из которых заимствованы эти слова, буквы Ы нет. Поэтому и в транслитерации её нет: цивилизация, медицина, абстракция, циркуль, цинизм, цистерна