В первую очередь следует сказать, что метод тантр, хотя и приводит, согласно традиции, к тому же результату, что и метод сутр классической Махаяны, тем не менее по своему характеру прямо противоположен тому. Махаяна (да и Хинаяна) прежде всего работала с сознанием, с тем тонким и поверхностным слоем психики, который характерен именно для человека и тесно связан с типом цивилизационного развития того или иного общества и его уровнем. И только постепенно просветляющее воздействие методов Махаяны затрагивает более глубокие слои и пласты психики, очищая и преобразуя их. Иное дело Ваджраяна. Она прямо сразу начинала работать с темными пучинами бессознательного, того «тихого омута», в котором «черти водятся», используя его безумные сюрреалистические образы и архетипы для быстрого выкорчевывания самих корней аффектов: страстей, влечений (порой патологических), привязанностей, — всего того, что могло и не осознаваться самим практикующим, бомбардируя, однако, его сознание «изнутри». Затем только наступала очередь сознания, преображающегося вслед за очищением темных глубин подсознательного.
Большую роль в определении гуру конкретной практики для каждого ученика играло выяснение базового для его психики аффекта (клеши): является ли он гневом, страстью, невежеством, гордыней или завистью. Поэтому тексты Алмазной Колесницы неустанно повторяют, что аффекты должны не искореняться или уничтожаться, а осознаваться и трансформироваться, пресуществляться в пробужденное сознание, подобно тому как в процессе алхимической трансмутации алхимик превращает железо и свинец в золото и серебро. Таким образом, тантрический йогин сам оказывается алхимиком (неслучайно алхимиками считались такие знаменитые махасиддхи, как Нагарджуна II и Сараха), исцеляющим психику превращением скверны и страстей в чистую мудрость Будды (для тантр существен такой ряд соответствий: пять клеш — пять скандх — пять трансцендентных гносисов / мудростей Будды).
