управлять мотивацией руководителя проекта должен Заказчик и/или Куратор проекта, а вот управлять мотивацией и принимать решения по команде проекта должен руководитель проекта
Перерывы нужно делать с определённой периодичностью, и отдыхать правильно — обязательно отвести взгляд от монитора, встать, потянуться, пройтись, в обед — желательно выйти на улицу, если есть такая возможность